O Agrupamento de Escolas 2 de Beja está organizado segundo a existência de diversas Coordenações.
- Coordenações Departamento & Grupos Disciplinares
- Coordenadora de Estabelecimento da Escola Mário Beirão: Prof. Mª José Barrocas
- Coordenador do Centro Escolar S. João Baptista; Prof. Carlos Fachadas
- Coordenador da Escola Básica e Jardim de Infância de Albernoa: Prof. Hugo Rocha
- Coordenadora da Escola Básica e Jardim de Infância de Cabeça Gorda: Prof. Mª Conceição Baia
- Coordenadora da Escola Básica e Jardim de Infância de Salvada: Prof. Ana Isabel David
- Coordenador da Escola Básica e Jardim de Infância de Sta, Clara do Louredo: Prof. António Ragageles
- Outras Coordenações:
- Área de Integração: Prof. Idalina Barras
- CRTIC: Prof. Pedro Pereira
- Cursos Profissionais: Prof. Sérgio Filipe
- Desporto Escolar: Prof. João Franco
- Educação Especial: Prof. António Caeiro
- Ensino no Estabelecimento Prisional de Beja: Prof. Paula Lança
- Equipa de Autoavaliação: Prof. Ana Florbela Mamede
- Preliminary English Test – PET (ESDMI): Ana Cristina Moura
- Preliminary English Test – PET (EBMB): Mª Fernanda Brissos
- Oferta Educativa de Adultos: Prof. Mª Fátima Chaveiro
- Professores Bibliotecários: Prof. Sandra Bettencourt
- Projetos Educativos: Prof. Mª Cristina Tavares de Almeida e Prof. Mª Helena Carneiro
- Secretariado de Exames (ESDMI): Prof. Margarida Espírito Santo
- Secretariado de Exames (EBMB): Prof. Mª Rita Aiveca
- Segurança Escolar: Prof. Sérgio Filipe
- Subcoordenador (Centro Escolar); Prof. Carlos Fachadas
- Subcoordenador (ESDMI): Prof. Gilberto Pato
- Subcoordenador (EBMB): Prof. Carlos Gomes
- TIC Pedagógico: Prof. Ana Margarida Antunes
- TIC Técnico: Prof. Romeu Silva